สิบปีหลังจากสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ – การต่อสู้ที่เดิมพันโดยอาจารย์และผู้รับใช้เหนือภาชนะที่ให้ความปรารถนาจอกศักดิ์สิทธิ์ – สงครามอื่นแตกออกในเมืองฟูยูกิ ชิรุ เอมิยะ (Shirou Emiya) บุตรชายบุญธรรมของคิริสึกุ เอมิยะ (Kiritsugu Emiya) ผู้มีส่วนร่วมในสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งก่อน (Holy Grail War) ได้แก้ไขเพื่อต่อสู้ โดยดําเนินการตามความปรารถนาที่กําลังจะตายของคิริซึกุ มีเด็กสาวคนหนึ่งอยู่ข้างๆ ชิรูที่หลงรักเขา —ซากุระ มาตู ทุกเช้าเธอไปที่บ้านของชิรูเพื่อทําอาหารเช้าและอาหารเย็นให้เขานําความเมตตามาสู่ชีวิตของเด็กชายคนเดียวในโลก แต่เมื่อสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์เริ่มขึ้น การฆาตกรรมมากมายทั่วเมืองและบรรยากาศก็เติบโตเป็นลางร้าย ชิรูตัดสินใจที่จะปกป้องซากุระในบ้านของเขา นอกจากซาเบอร์แล้วผู้รับใช้ที่เขาเรียกชิรูยังร่วมมือกับ Magus Rin Tohsaka และมีส่วนร่วมในสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ แต่การต่อสู้เริ่มที่จะไป awry เป็นการซ้อมรบลับโดยกองกําลังที่มองไม่เห็นจะถูกใส่ลงไปในการเล่น