หลังจากตั้งรกรากในกรีนฮิลส์ โซนิคก็กระตือรือร้นที่จะพิสูจน์ว่าเขามีคุณสมบัติเพียงพอที่จะเป็นฮีโร่ตัวจริง บททดสอบของเขาเกิดขึ้นเมื่อดร.โรบ็อตนิกกลับมา คราวนี้กับนัคเคิลส์ คู่หูคนใหม่ในการค้นหามรกตที่มีพลังทำลายล้างอารยธรรม Sonic ร่วมมือกับ Tails เพื่อนสนิทของเขาเอง และพวกเขาเริ่มต้นการเดินทางท่องโลกเพื่อค้นหามรกตก่อนที่มันจะตกไปอยู่ในมือของพวกคนผิด